Учитывает. Они либо добавляются при следующем пополнении (если вместе с новым пополнением суммы хватает на целую ноту), либо приплюсовываются при следующем выводе к фактически отправляемой сумме.
Проверить (даже не выводя) помнит ли система остаток конкретно по вашему счету можно заполнив форму на вывод. При этом фактически заявку на вывод подавать не обязательно - достаточно заполнить реквизиты: кошелек куда выводить и сумму. Если дробный остаток нот сохранился и правильно учтен, то он будет показан в форме вывода перед подтверждением заявки.